肠道微生物与宿主代谢、免疫等密切相关，影响猪生长、饲料利用效率和抗病等诸多重要经济性状。不同个体肠道微生物组成各不相同，受环境、饮食、健康状况以及宿主遗传变异等多重影响。宿主遗传变异多大程度以及如何影响其自身的肠道菌群组成是国际研究热点及难点。

针对这一世界难题，农业农村部种猪生物技术重点实验室黄路生院士团队以家猪为研究材料，为了增加宿主个体的遗传变异，首先用12年时间构建了一个由全世界八个不同的商业品种及中国地方猪种混合杂交而成的嵌合家系第六及第七世代群体，同时通过严格控制饲料、饲养、健康及环境条件，系统研究了健康猪肠道微生物组成和宿主基因对猪肠道菌群组成影响。系统遗传解析，鉴别到ABO血型中一个2.3kb古老缺失突变直接导致了家猪肠道中丹毒丝菌科相关细菌的丰度差异。ABO基因2.3kb的缺失导致编码的蛋白质无N-乙酰半乳糖胺转移酶活性，因此无法把N-乙酰半乳糖胺添加到肠道粘液中高度糖基化的黏蛋白上，导致OO基因型个体肠道中N-乙酰半乳糖胺浓度降低，从而影响依赖N-乙酰半乳糖胺作为碳源的细菌的生长。

相关研究结果发表于《Nature》（2022，606(7913): 358-367.），这是迄今为止中国畜牧学领域首篇《Nature》发表的研究长文。这是国际上农业动物中第一个被发现的宿主基因组中影响肠道菌群的因果突变。该发现不仅对于研发宿主遗传通过调控肠道菌群提高猪饲料转化效率和生长速度新技术，培育节粮型和快长型猪新品种具有重要意义，同时也为从肠道菌群和宿主基因互作出发研究人类相关疾病发病机理及菌群调控技术提供重要参考。