动物重要经济性状遗传解析

   重点针对产量性状（猪肉、牛奶、禽蛋）、品质性状（猪肉、牛奶、禽蛋）、部分抗逆性状（奶牛抗金色葡萄球菌、鸡抗寒、抗马立克病、牛抗寒）等重要经济性状，通过各种高通量数据挖掘、遗传关联分析、体内外功能验证等手段，初步阐明这些重要性状形成的基础并构建调控网络。

动物育种理论方法及应用

   针对不断出现的各种海量数据不断开发新的分析方法，针对部分性状的测定技术难题、选择难题开展育种技术攻关。重点解决基因组选择技术应用、性能自动测定技术等关键技术难题，研发肉禽自动性能测定系统、猪发情测定系统等多个自动化测定技术并开发相应系统。

动物遗传资源保护与利用

    利用模式动物和计算机模拟技术，进行保种理论研究，建立遗传资源保存的实体库与虚拟库；制定遗传资源优质特色性状的表型评估指标和检测技术标准，推进遗传资源表型评估的标准化；建立不同通量的基因检测技术，高效利用优势特色基因，用于分子模块设计育种；建立畜禽遗传资源分子评估技术体系，根据资源的分子特征，制定资源库分子评估数据库，提高资料评价和利用效率。

动物配子与胚胎发育调控

    揭示家畜卵泡发育的核心调控机制，以及卵泡命运的决定机制；探索家畜卵母细胞成熟，挖掘关键卵母细胞成熟调节因子；阐明重要激素及因子对家畜早期胚胎发育的调理机制，解析体外受精胚胎发育异常的分子机制；研究特殊环境或养殖工艺引发畜禽应激，导致繁殖力下降的机制，缓解环境应激造成的生殖损伤。 

动物繁殖生物技术及应用

   突破体外培养引发胚胎表观错误的障碍，构建安全、高效的体外胚胎生产体系；创制高效、安全的激素（类似物）或生殖调控药物，通过减少激素应激、优化子宫容受性，构建完整、高效的家畜同期排卵-定时输精技术体系。

动物遗传修饰技术方向

 优化遗传修饰基因技术体系，提高基因导入效率；建立基因定点整合与定向表达技术体系，实现基因组的精准修饰和外源基因的定向表达；开发适用于大动物的基因编辑系统，提高基因编辑的效率；遗传修饰动物全面的生物安全性评价。